安装 Vite 创建工具（只需一次）

npm create vite@latest embryo-frontend -- --template react-ts
cd embryo-frontend
npm install
npm install three @react-three/fiber @react-three/drei
npm install zustand axios react-router-dom
npm run dev

cd ..
mkdir embryo-backend
cd embryo-backend

创建虚拟环境（推荐）

安装uv：https://docs.astral.sh/uv/getting-started/installation/

powershell -ExecutionPolicy ByPass -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

运行

.\start-dev.ps1

http://localhost:5000/api/gene/SOX2

脚本功能：

1. 同时启动两个服务：

   • 前端：在 embryo-frontend 目录中运行 npm run dev
   • 后端：使用 uv run 运行 embryo-backend/app.py

2. 智能检查：

   • 验证目录和文件是否存在
   • 监控服务状态
   • 提供彩色输出和状态信息

3. 优雅的停止机制：

   • 使用 Ctrl+C 可以同时停止两个服务
   • 自动清理后台作业

使用方法：

在项目根目录中运行：

.\start-dev.ps1

或者如果需要执行权限：

Set-ExecutionPolicy -ExecutionPolicy RemoteSigned -Scope CurrentUser
.\start-dev.ps1

预期输出：

• 前端开发服务器通常运行在：http://localhost:5173
• 后端API服务器通常运行在：http://localhost:5000

脚本会显示启动状态，并在两个服务都启动后保持运行状态。按 Ctrl+C 可以同时停止所有服务。

现在您可以使用这个脚本来快速启动整个开发环境了！

20250721 3D点云可视化

npm install three

20250721生成假的胚胎数据：

uv run FakeEmbyro.py


cd embryo-frontend
npm install chart.js react-chartjs-2

import numpy as np
import pandas as pd
import anndata as ad
import os

script_path = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
N = 1500
radius = 10
np.random.seed(42)

phi = np.random.uniform(0, np.pi, N)
theta = np.random.uniform(0, 2 * np.pi, N)

x = radius * np.sin(phi) * np.cos(theta)
y = radius * np.sin(phi) * np.sin(theta)
z = radius * 0.7 * np.cos(phi)

genes = ["SOX2", "NANOG", "POU5F1", "T", "OTX2", "ZIC2", "FOXA2", "LEFTY1"]
expression_data = {
    gene: np.exp(-(x**2 + y**2 + z**2) / (2 * radius**2)) + 0.1 * np.random.rand(N)
    for gene in genes
}

obs = pd.DataFrame({"cell_id": [f"cell_{i}" for i in range(N)]}, index=[f"cell_{i}" for i in range(N)])
var = pd.DataFrame(index=genes)
obsm = {"spatial": np.vstack([x, y, z]).T}
X = np.vstack([expression_data[gene] for gene in genes]).T  # shape (N, G)

adata = ad.AnnData(X=X, obs=obs, var=var, obsm=obsm)
adata.write(f"{script_path}/CS9.h5ad")